Unity 5.5（ベータ版） が HoloLens をサポートするそうです

※ これは 2016/11/25 Unity ver.5.5.0f2（Windows版） 時点の情報です

最新版では動作が異なる可能性がありますのでご注意ください

[New build] - HoloLens now included in the 5.5.0f1 build

Unity の Forums をのぞいていたら、こんなことを言ってる人がいたのでリリースノートを見てみたら

ホントだった！！

さっそく Unity 5.5.0f2 をインストールして少し前の HoloLens アプリプロジェクトを開いて実行してみると・・・

プロジェクトコンバートを挟んで今まで通り動きました！

まだ細かい動作の違いなどはあるでしょうが、今後は HoloLens 実装は 5.5.0f2 で試してみようかと思います